化肥水溶好，使用率高，肥力快，短期内实际效果显著，但是因为穴盘主骨的容量较为小，对化肥加上量的规定较严苛，若肥量大盐份上升，会抑止幼苗生长发育。此外，每一次的浇灌量假如过交流会淋洗掉一部分化肥，导致有机质不够，幼苗缺肥。 有机肥料 有机肥料营养成分全方位，但肥力慢，若沤肥不完全，会造成病害产生。而且空气相对湿度大时，基质表层非常容易出現毛多的状况。 生物有机肥 生物有机肥其有别于一般有机肥料，田里的运用实际效果证实：化肥沤肥度提高，没有幼虫病原菌等有害物质，并带有很多有利微生物菌种，可以合理提升化肥使用率，提高根茎魅力和营养物质吸收力，可以改进土壤。生物有机肥运用于穴盘育苗作底肥，对培养旺苗有益。 此外，带有生物有机肥的穴盘苗移栽到田里后，基质中的有益菌群，会在土壤中再次充分发挥，有益于主茎的事后生长发育。而且有益菌群粘附在农作物根茎，能提升农作物抗土传病害工作能力。 除此之外，有益菌群在土壤微生态环境保护中，也有更大的功效，能够抑止土壤危害微生物菌种（绝大多数土传病虫害全是由危害细菌造成），产生优势种群，可以长期性地维护土壤生态环境保护和农作物。

营养土（包括苗床土）的酸化处理具有防病、壮苗的作用。水稻秧苗生长 适pH是4.5～5.0。一般土壤配制的营养土，使用前都应进行酸化处理，使其pH达到4.5～5.0，以满足秧苗生长的需要，控制土壤中病原菌的生长发育。 土壤酸化处理一般使用98%浓硫酸，每500千克约需3.5～4千克。配制时先将硫酸倒入少量水中进行稀释，再逐渐加大水量，成为硫酸的6倍液，使其量达20千克左右。然后把稀释的硫酸均匀地喷在摊开的营养土或苗床上。酸化营养土时边拌边搅，使其充分混匀。用pH试纸测试，达到指标后，堆闷3天，3天后仍保持4.5～5.0的pH即可使用。pH小于4.5时有酸害，大于5时应再加酸调整，直到合格为止。 用硝基腐植酸7.5～8.7千克，也可以达到让500千克营养土酸化为pH等于4.5～5.0的目的。此外，用乙酸也可以对营养土进行酸化，但成本较高，挥发性大且持续时间短。 用硫酸进行酸化处理时应注意以下几点： （1）应穿防护服，戴胶皮手套，穿胶鞋，戴风镜，防止硫酸溅出伤人和毁坏衣物。 （2）配制硫酸水溶液，只能将硫酸贴容器一侧缓缓地往水里倒，边倒边搅动，决不准把水往硫酸里倒，否则易伤人。 （3）浓硫酸用量要准，pH也要调准。没经验的人可找有经验的人员帮助处理。