化肥水溶好，使用率高，肥力快，短期内实际效果显著，但是因为穴盘主骨的容量较为小，对化肥加上量的规定较严苛，若肥量大盐份上升，会抑止幼苗生长发育。此外，每一次的浇灌量假如过交流会淋洗掉一部分化肥，导致有机质不够，幼苗缺肥。 有机肥料 有机肥料营养成分全方位，但肥力慢，若沤肥不完全，会造成病害产生。而且空气相对湿度大时，基质表层非常容易出現毛多的状况。 生物有机肥 生物有机肥其有别于一般有机肥料，田里的运用实际效果证实：化肥沤肥度提高，没有幼虫病原菌等有害物质，并带有很多有利微生物菌种，可以合理提升化肥使用率，提高根茎魅力和营养物质吸收力，可以改进土壤。生物有机肥运用于穴盘育苗作底肥，对培养旺苗有益。 此外，带有生物有机肥的穴盘苗移栽到田里后，基质中的有益菌群，会在土壤中再次充分发挥，有益于主茎的事后生长发育。而且有益菌群粘附在农作物根茎，能提升农作物抗土传病害工作能力。 除此之外，有益菌群在土壤微生态环境保护中，也有更大的功效，能够抑止土壤危害微生物菌种（绝大多数土传病虫害全是由危害细菌造成），产生优势种群，可以长期性地维护土壤生态环境保护和农作物。

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