土壤里的物质可以概括为三个部分：固体部分、液体部分和气体部分。 土壤矿物质是岩石经过风化作用形成的不同大小的矿物颗粒（砂粒、土粒和胶粒）。土壤矿物质种类很多，化学组成复杂，它直接影响土壤的物理、化学性质，是作物养分的重要来源之一。 土壤由矿物质和腐殖质组成的固体土粒是土壤的主体，约占土壤体积的50%，固体颗粒间的孔隙由气体和水分占据。 土壤气体中绝大部分是由大气层进入的氧气、氮气等，小部分为土壤内的生命活动产生的二氧化碳和水汽等。土壤中的水分主要由地表进入土中，其中包括许多溶解物质。 土壤中还有各种动物、植物和微生物。

土地肥力持续降低的问题，正成为中国农民面临和亟待解决的一大难题。土地因为连续施用化肥，土壤中养分含量下降，有机质含量下降，土壤板结严重。而生物肥料能够提高化肥利用率，改善作物品质，改良土壤，减轻环境污染，生物菌肥之所以是好肥料，是因为它的营养元素齐全，能够改善土壤理化性状,增强土壤保水、保肥、供肥的能力。 有益微生物可以促进和调控作物生长，而且能够提高土壤孔隙度、植物成活率。同时能够抑制有害病原菌繁衍，连年施用可缓解连作障碍，也是一种环保型肥料。 在合理施用微生物菌肥时应注意以下几点： 1.选择证件齐全含菌量高的产品。 2.微生物肥料本身养分含量低，必须与其他肥料搭配施用。在施用微生物肥料时，由于微生物肥料中的微生物具有固氮、解磷、解钾、抑菌、活化土壤、提高养分利用率的作用，因此施用这类肥料后，可以适当减少化肥的施用量。 3.微生物肥料中的微生物需要在含水适宜的土壤中才能生长和繁殖，因此土壤湿度不能过干过湿。 4.微生物肥料不能和杀菌剂同时使用。 5.微生物肥料不论是做基肥，还是追肥，都不能暴露在土壤表面。 6.注意生产日期，放置时间过长的微生物肥料中的微生物的活性下降。 7.冬春季地温低，低温微生物的生长繁殖变慢、活性下降。应提高地温，用秸秆覆盖，有利于提高地温，增强微生物活性的作用 生物菌肥将打破中国施用30多年化肥的种植怪圈。土壤酸化、土地肥力下降等困扰中国土地种植现状的窘况，有望因生物菌肥的使用而破题。